A eAmazônia é uma instituição que conta com o apoio de associados. Os associados têm função participativa nas decisões da organização, além de usufruírem dos serviços prestados pelo eAmazônia, de acordo com seu Estatuto.

São associadas fundadoras as Centrais Elétricas Brasileiras S.A. (Eletrobras) e a Universidade Federal do Acre (Ufac).