A Assembleia Geral é o órgão deliberativo máximo do centro, sendo composta pelas suas associadas: Centrais Elétricas Brasileiras S.A. (Eletrobras) e a Universidade Federal do Acre (Ufac).
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Os órgãos da administração do eAmazônia, conforme previsto em seu Estatuto, e que asseguram o contínuo progresso da instituição são: Assembleia Geral, Conselho Fiscal, Conselho de Administração e Diretoria Executiva.
O Conselho Fiscal é o órgão de fiscalização contábil-financeira composto por 3 (três) integrantes efetivos, e 3 (três) suplentes.
O Conselho de Administração é o órgão colegiado de gestão e de deliberação, constituído por sete membros, ligados às Instituições Eletrobras, Ufac, Seict e Fieac.
A Diretoria Executiva é o órgão que tem por objeto efetivar a execução gestional da Entidade, sendo composta pelo Diretor Presidente, Diretor Administrativo e Financeiro e pelo Diretor de Desenvolvimento Tecnológico.
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